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Die über 45'000 Objekte der Botanischen Sammlung stammen aus den Bereichen der Pflanzenanatomie, der Systematischen Botanik, der Pflanzenbiologie, der Paläobotanik, der Archäobotanik, der Ägyptologie, der Phytogeographie, der Nutzpflanzenbotanik und der Ethnobotanik. Zur Sammlung gehört auch ein reicher Schatz von heute historisch wertvollem botanischem Unterrichtsmaterial aus längst vergangener Zeit.
Die Botanische Sammlung umfasst eine der grössten Frucht- und Samensammlungen der Schweiz. Darüber hinaus kuratieren wir eine Sammlung von rund 700 Objekten, die nicht trocken, sondern nass in auf Alkohol basierenden Konservierungsflüssigkeiten gelagert werden. Diese Sammlung ist in ihrer Grösse und Ästhetik schweizweit nahezu einmalig und besitzt einen besonderen Schutzstatus. International von herausragender Bedeutung ist die wiederentdeckte Sammlung von pharaonischen Girlanden, die in Europa und Ägypten nur wenige Museen vorweisen können.
Dank der Unterstützung des Netzwerks «Schweizer Naturhistorischen Sammlungen» (SwissCollNet) für die Aufarbeitung und Digitalisierung vom Naturhistorischen Sammlungen, können folgende Teilsammlungen aufgearbeitet werden: